这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速
工作失意，婚姻暗淡，人生正值低潮的摩根·苏利文（杰瑞米·诺森 Jeremy Northam 饰）无时无刻不在渴望一种全新、精彩的生活。偶然机会，他成为高科技数码公司Digicorp的雇员。在培训期间，他接受公司的洗脑并且有了全新的身份，从此他游走世界各地，不断窃取Digicorp的主要对手Sunways的商业机密。在某次执行任务时，他邂逅了带有神秘气质的女郎丽塔（刘裕玲 Lucy Liu 饰）。摩根从她口中得知发生在自己身上的一切，并以此为契机成为一名双料间谍，然而他的人生也开始朝着失控的方向疯狂驶去……
