公元2500年，地球两极冰川大量消融，地球成了一片汪洋。人们只能在水上生存，建起了水上浮岛，泥土成了稀有之物。一天，来了一个孤独的海行者（凯文.科斯特纳 Kevin Costner 饰），他用了一罐泥土换了淡水和番茄苗。正当他要离开时，当地人发现他竟然长着鳃和蹼，认为他是怪物，把他关了起来，准备过两天将他处死。时日，海盗袭击了浮岛，海伦（珍妮.特里普里霍恩 Jeanne Tripplehorn 饰）和她的养女伊萝娜（蒂娜.米乔里诺 Tina Majorino 饰）没能赶上出逃的救生船，她们救出了海行者。海
特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：Ultra Party Guardians）。守护者神秘的能量水晶体“维克特利水晶”的地底居民“维克特利人”，谋划夺取“维克特利水晶”的宇宙人——切布尔星人艾克塞拉以及他的手下组成的安卓机器人-10和怪兽们、以及新的奥特曼“维克特利·奥特曼”的加入、从泰罗·奥特曼中获得新力量并升级的
